Події гри відбуваються приблизно за 50 років до подій першої частини. У 1900 році Америка, знаходячись на високому технологічному розвитку, побудувала велике місто, що літає, Колумбію, який повинен був стати гордістю американської нації і великим дивом серед людських винаходів. Проте, через деякий час, в місті сталося повстання, Колумбія вийшла з під контролю і зникла з поля зору. Протагоністом гри є колишній співробітник «Детективного агентства Пінкертона», Букер ДеУїтт.
